Początki obiektu sięgają końca XIX w., kiedy władze rosyjskie podjęły decyzję o budowie olbrzymiego kompleksu zabudowań przy dzisiejszej ul. Hrubieszowskiej, przeznaczone na potrzeby szpitala wojskowego. Integralną częścią zespołu miała być kaplica, usytuowana w południowo-zachodniej części kompleksu.
Budowla założona na planie krzyża greckiego powstał w 1899r. Rok później a mianowicie 25 czerwca 1900 r. wzniesiona z czerwonej cegły kaplica została poświęcona. Jako obiekt prawosławny funkcjonowała do 1915r. kiedy w raz z zabudowaniami szpitalnymi została przejęta przez armie austriacką. Obok kaplicy powstał cmentarz dla żołnierzy austriackich i rosyjskich, wykorzystywany następnie na pochówki żołnierzy polskich z okresu międzywojennego i z 1939r. W 1918 r. szpital zajęto na potrzeby Wojska Polskiego. Z kaplicy usunięto prawosławne wyposażenie i dostosowano do potrzeb obiektu rzymskokatolickiego. Od 1922r. obiekt obsługiwał ks. Stanisław Warchałowski, kapelan garnizonu chełmskiego. W okresie II wojny światowej cały obiekt przejęła armia niemiecka. Po zakończeniu działań wojennych kaplica powróciła do dawnej roli, jednak już w 1949 r. obiekt przestał wypełniać funkcje sakralne. Jako jeden z budynków wojskowej Składnicy Medycznej, kaplica była wykorzystana jako magazyn leków. Przyczyniło się to do poważnego zdewastowania obiektu.