Początki parafii w obecnym kształcie sięgają 1993 roku, kiedy to decyzją władz kościelnych kaplica została podniesiona do rangi kościoła parafialnego, zachowując dotychczasowe wezwanie. Pierwszym proboszczem nowej parafii został Ksiądz Kazimierz Malinowski. Skromny obiekt posiadający około 100 m², w ograniczony sposób zaspokajał potrzeby duszpasterskie parafii, której obszar obejmował wydzielone tereny należące dotychczas do parafii Mariackiej, parafii Św. Ducha oraz parafii Chrystusa Odkupiciela. Do parafii przyłączono także obok okolicznych ulic, miejscowości takie jak: Strupin Mały, Strupin Duży, Strupin Łanowy oraz część Pokrówki.
Już w 1994 r. podjęto decyzję o rozbudowie świątyni. Projekt przygotowany przez chełmskich architektów Wojciecha Palkę i Jana Kołodziejczyka przewidywał dobudowanie nowej nawy głównej od strony południowej i kruchty zwieńczonej trójkondygnacyjną wieżą o wysokości 30 m. W 1996 r. arcybiskup lubelski Bolesław Pylak dokonał poświęcenia i wmurowania kamienia węgielnego nowej świątyni.
Rozbudowa świątyni nie rozwiązała wszystkich problemów liczącej blisko trzy tysiące wiernych wspólnoty. Obok uporządkowania otoczenia kościoła, w 2004 roku przystąpiono do budowy domu parafialnego, usytuowanego nieopodal południowo‑wschodniego narożnika świątyni. Pracami kierował Ks. Jan Karaś, pełniący funkcję proboszcza w latach 2003–2010.
W 2010 r. Ks. Arcybiskup Józef Życiński mianował na urząd proboszcza Ks. Krzysztofa Krakowiaka. Podczas sześciu lat posługi doprowadził on do pełnego zagospodarowania domu parafialnego, wyłożenia chodników wokół kościoła, przeprowadzenia malowania wnętrza świątyni oraz wymiany okien i drzwi. Przy współpracy z Miastem Chełm wykonano także oświetlenie zewnętrzne kościoła.
W czerwcu 2016 roku proboszczem parafii został Ks. Andrzej Majchrzak, pełniący tę funkcję do końca czerwca 2021 roku. W tym czasie przeprowadzono generalny remont salek pod kościołem, zamontowano dwa kryształowe żyrandole, wykonano nowe sedilia, przebudowano prezbiterium oraz przeprowadzono remont ołtarza polowego. Przeprowadzono również sprzedaż domu po śp. Ks. Kazimierzu Malinowskim, a uzyskane środki przekazano na budowę Hospicjum Jego imienia.
Od lipca 2021 roku proboszczem naszej parafii jest Ks. Kan. Krzysztof Maksymowicz. Zostały wykonane prace zabezpieczające dach kościoła, zautomatyzowano dzwony na wieży, zakupiono elektroniczne organy oraz wykonano nowy konfesjonał w kaplicy w Strupinie Dużym.
