Początki obiektu sięgają końca XIX w., kiedy władze rosyjskie podjęły decyzję o budowie olbrzymiego kompleksu zabudowań przy dzisiejszej ul. Hrubieszowskiej, przeznaczone na potrzeby szpitala wojskowego. Integralną częścią zespołu miała być kaplica, usytuowana w południowo-zachodniej części kompleksu. Budowla założona na planie krzyża greckiego powstał w 1899r. Rok później a mianowicie 25 czerwca 1900 r. wzniesiona z czerwonej cegły kaplica została poświęcona. Jako obiekt prawosławny funkcjonowała do 1915r. kiedy w raz z zabudowaniami szpitalnymi została przejęta przez armie austriacką. Obok kaplicy powstał cmentarz dla żołnierzy austriackich i rosyjskich, wykorzystywany następnie na pochówki żołnierzy polskich z okresu międzywojennego i z 1939r. W 1918 r. szpital zajęto na potrzeby Wojska Polskiego. Z kaplicy usunięto prawosławne wyposażenie i dostosowano do potrzeb obiektu rzymskokatolickiego. Od 1922r. obiekt obsługiwał ks.Stanisław Warchałowski, kapelan garnizonu chełmskiego. W okresie II wojny światowej cały obiekt przejęła armia niemiecka. Po zakończeniu działań wojennych kaplica powróciła do dawnej roli, jednak już w 1949 r. obiekt przestał wypełniać funkcje sakralne. Jako jeden z budynków wojskowej Składnicy Medycznej, kaplica była wykorzystana jako magazyn leków. Przyczyniło się to do poważnego zdewastowania obiektu.
Zasadnicza zmiana w sytuacji kaplicy nastąpiła w 1982 r. W wyniku starań proboszcza parafii Narodzenia NMP księdza Kazimierzą Bownika budynek został przekazany na potrzeby sakralne. Po odnowieni i wyposażeniu, budowla została przekształcona w kaplicę filialną parafii Mariackiej. Poświęcenia nowej świątyni dokonał w 1985r. sufragan lubelski ksiądz biskup Jan Śrutwa. Według relacji pierwszego proboszcza parafii, początkowo kaplicy miał patronować Brat Albert. Ostatecznie jednak świątynia otrzymała wezwanie Miłosierdzia Bożego. Równocześnie likwidacji uległ pobliski cmentarz wojskowy( prochy żołnierzy zostały przeniesione na cmentarz w Strupinie Łanowym), po którym pozostały jedynie dwa nagrobki.
Kolejna zmiana w funkcjonowaniu obiektu nastąpiła w 1993 r. Decyzja władz kościelnych kaplica została podniesiona do rangi kościoła parafialnego, zachowując dotychczasowe wezwanie. Pierwszym proboszcze nowej parafii został ksiądz Kazimierz Malinowski, kierujący dotychczas parafią pw. Św. Kazimierza w Chełmie. Skromny obiekt posiadający około 100 m, w ograniczony sposób zaspokajał potrzeby duszpasterskie parafii, której obszar obejmował wydzielone tereny należące dotychczas do parafii Mariackiej, parafii Św. Ducha oraz parafii Chrystusa Odkupiciela. Do parafii przyłączono także obok okolicznych ulic miejscowości takie jak Strupin Mały, Strupin Duży, Strupin Łanowy oraz część Pokrówki. Już w 1994 r. podjęto decyzje o rozbudowie świątyni. Projekt przygotowany przez Chełmskich architektów Wojciecha Palkę i Jana Kołodziejczyka przewidywał dobudowanie nowej nawy głównej od strony południowej i kruchty zwieńczonej trójkondygnacyjną wieżą o wysokości 30 m. Kształt zewnętrzny miał nawiązywać do istniejącego obiektu. W 1996 r. arcybiskup lubelski Bolesław Pylak dokonał poświęcenia i wmurowania kamienia węgielnego nowej świątyni.
Prace budowlane zostały zakończone w 1999 r. Dzięki przedłużenia nawy, świątynia obecnie rozplanowana jest na rzucie krzyża łacińskiego i posiada powierzchnie blisko 200 m. Główne wejście, znajdujące się od strony południowej wieńczy portal zamknięty trójkątnym szczytem. W narożach znajdują się pilastry wspierające gzyms kordonowy. Podobne pilastry znajdują się na drugiej kondygnacji wieży. Trzecia kondygnacja posiada kształt ośmioboku. Na wieży przykrytej namiotowym dachem umieszczono dwa dzwony (?Matki Bożej Królowej Polski? i ? Chrystusa Miłosiernego?), ufundowane w 1998 r. (trzeci noszący imię ?Wiesław?, pochodzący z 1985 r., znajduję się w sygnaturce na starej części świątyni). Od strony północnej znajduje się zakrystia i pomieszczenie dla ministrantów. Pochodzący z połowy lat osiemdziesiątych ołtarz ozdabiają obrazy: ?Jezusa Miłosiernego- Jezu Ufam Tobie? i ? Matki Boskiej Ostrobramskiej- Matki Miłosierdzia?. Otynkowane wnętrze posiada współczesne wyposażenie, wśród którego uwagę zwracają neobarokowe ławki, ufundowane przez wspólnotę parafialną w 2002 r. Cennym obiektem jest także siedemnastowieczna figura Chrystusa Zmartwychwstałego, pochodząca z Dolnego Śląska odnowiona przez chełmskiego złotnika Kazimierza Kaszubę. Przy zachodniej ścianie można również dostrzec popiersia sługi Bożego Księdza Zygfryda Berezeckiego, zmarłego w 1963 r., jednego z najbardziej szanowanych i popularnych księży w dziejach Chełma.
Rozbudowa świątyni nie rozwiązała wszystkich problemów liczącej blisko trzy tysiące wiernych wspólnoty. Obok uporządkowania otoczenia kościoła, w 2004 roku przystąpiono do budowy domu parafialnego, usytuowanego nieopodal południowo-wschodniego narożnika świątyni. Trwającymi pracami kieruje nowy proboszcz parafii Ksiądz Jan Karaś, pełniący funkcje od 2003 r. kiedy to dotychczasowy proboszcz Ksiądz Kazimierz Malinowski przeszedł na emeryturę. Dostosowany stylistycznie do zewnętrznego kształtu świątyni budynek ma zostać skończony.
W roku 2010 w październiku dotychczasowy proboszcz ks. Jan Karaś, po owocnym przepracowaniu siedmiu i pół roku, otrzymał nominację proboszczowską z rąk Ks. Arcybiskupa Józefa Życińskiego, do parafii Nawrócenia św. Pawła w Lublinie, natomiast w naszej parafii 12.października 2010 roku nominację proboszczowską otrzymał Ks. Krzysztof Krakowiak, dotychczasowy wikariusz w parafii św. Wojciecha w Wąwolnicy. Uroczyste wprowadzenie przez Ks. Wicedziekana Antoniego Świerkowskiego, na urząd proboszcza odbyło się 24 października 2010 roku.